В июле 1806 году Наполеон объединил под своим протекторатом 16 германских государств в Рейнский союз. В него вошло новое германское государство, созданное из северо-западных территорий, - Великое герцогство Берг. 1 августа 1806 года члены Рейнского союза заявили о своем выходе из Священной Римской империи. Затем последовало ультимативное требование Наполеона Францу II сложить с себя императорскую корону, что и было сделано. Священная Римская Империя германской нации прекратила свое существование.
В своей германской политике Наполеон добился главного: сплотив «третью Германию» в Рейнский союз, он создал противовес Австрии и Пруссии и одновременно буферную зону между ними и Францией. Ядром Рейнского союза стали 3 южногерманских государства: Бавария. Вюртемберг и Баден. Союз по своему характеру являлся наступательно-оборонительным альянсом.
Усиление позиций Франции в Германии, с одной стороны, и англо-российское дипломатическое давление — с другой, привели к вступлению в антифранцузскую коалицию Пруссии. Именно Пруссия стала главным действующим лицом четвертой коалиции (1806 г.). В европейских государствах царила уверенность, что прусская армия, созданная Фридрихом II, в состоянии превзойти все, что породила «лишенная солдатского духа французская революция».
Однако война для Пруссии оказалась короткой и бесславной. 8 октября 1806 года французские войска перешли прусскую границу, а 14 октября две прусские армии были разгромлены под Йеной и Ауэрштадтом. Затем последовала сдача крепостей и капитуляция остатков армии на всей территории государства. Лишь небольшие части под командованием генералов Блюхера и Гнейзенау оказали сопротивление.
Через месяц после начала войны военная машина Пруссии была уничтожена. Наполеон торжественно въехал в Берлин. Прусский король Фридрих Вильгельм III, его семья и небольшой двор укрылись на восточной окраине государства.
Дальнейшая судьба Пруссии зависела от исхода борьбы Франции с Россией. Русские войска потерпели тяжелые поражения, но Россия по-прежнему оставалась грозной военной силой. Наполеон не решился перейти Неман, но и Александр I, лишившийся союзника на континенте, считал рискованным продолжать борьбу. Начались русско-французские переговоры, завершившиеся подписанием мирного договора в Тильзите в июле 1807 года.
Согласно условиям Тильзитского мирного договора Пруссия лишалась половины своей территории, обязывалась сократить армию до 40 тыс. человек и выплатить контрибуцию в размере 100 млн франков. На восточных территориях, отторгнутых у Пруссии, создавалось Великое герцогство Варшавское. Из западных прусских земель, а также Брауншвейга и части Ганновера было создано королевство Вестфалия.
В этот период Наполеон достиг вершины могущества в Германии. Существовала группа вассальных германских государств, власть в которых перешла родственникам Наполеона - Наполеонидам. В Вестфальском королевстве престол был передан младшему брату Наполеона, Жерому, в Великом герцогстве Берг - зятю Наполеона, Мюрату. Евгений Богарне, пасынок Наполеона, управлял Великим герцогством Франкфурт. Степень контроля Наполеона не только над внешней, но и над внутренней политикой этих государств была наиболее высокой.
Во вторую группу входили зависимые от Наполеона государства Рейнского союза, сохранившие свои княжеские и королевские династии, а вместе с ними и некоторую свободу в решении внутриполитических вопросов. Границы Рейнского союза постоянно расширялись. В конечном итоге за его пределами остались только Австрия и Пруссия.
Антинаполеоновское движение в Германии приобретало различные формы: распространение патриотической литературы, партизанская борьба (отряды майора Шилля в Пруссии, Дернберга в Гессен-Касселе, герцога Брауншвейгского в Саксонии), создание тайных обществ. Центром патриотического движения стала Пруссия. Здесь зарождается спортивное движение, которое имело политический характер. Спортивные союзы призваны были готовить молодежь к освободительной борьбе, к участию в «великом общенациональном ополчении».
В 1803 году в Кенигсберге возникла тайная организация Тугендбунд («Союз благоденствия»). Ее целью было возрождение родины, достичь которого предполагалось путем реформ. В Тугендбунд входили генералы и гражданские чиновники.
Патриотическая часть прусского общества, особенно офицерство, полагало, что возрождение Пруссии (и Германии) следует начинать с восстановления прусской военной мощи. Настоятельной потребностью стала военная реформа.
В одном ряду с военной стояла реформа образования. Их сближал общий подход. Как и военная, реформа образования разрушала традиционное социальное устройство, была направлена на сплочение нации. Для этого нужно было «воспитывать» нацию, развивать в немецком обществе чувство солидарности и такие качества, как инициативность и самостоятельность. Неслучайно реформу образования поддерживали военные реформаторы. Эти реформы дали толчок новому этапу модернизации общества в Пруссии и усилению государства.
Непосредственно осуществлением реформы в 1808-1810 гг. занимался министр образования Карл Вильгельм Гумбольдт (1767-1835). Положенная в основу реформ концепция Гумбольдта ориентировалась на гуманистические идеалы всеобщего образования.
В 1812 году ситуация в Европе стала быстро изменяться, что было связано с вторжением Наполеона в Россию. В рядах «великой армии» находились 23 тыс. саксонцев, 30 тыс. баварцев, 6 тыс. баденцев и т. д. В войне против России обязаны были участвовать и Австрия с Пруссией, выставившие по 20 тыс. солдат. Разгром «великой армии» в России привел к отказу Пруссии от союза с Наполеоном и сближению с Россией.
Российско-прусский союзный договор 1813 года заложил основы шестой антифранцузской коалиции. Через месяц, 16 марта, прусский король объявил войну Франции. На следующий день он обратился к населению Пруссии с воззванием «К моему народу», в котором призвал подданных к восстанию против Наполеона. Тем самым была установлена связь короны с патриотическим движением. Немецкое национальное восстание охватывало в основном территорию Пруссии. В государствах Рейнского союза население сохраняло лояльность Наполеону. Локальные волнения имели место в Берге и Вестфалии, но они были быстро подавлены.
Число участников шестой коалиции росло. К России и Пруссии присоединились Англия и Швеция, в августе 1813 г. Австрия. 16-19 октября 1813 г. под Лейпцигом произошло самое крупное и кровавое сражение наполеоновских войн. «Битва народов» закончилась победой коалиции. Остатки «великой армии» отступили к Рейну. Наполеон лишился власти над многими частями своей империи. Развалился Рейнский союз. Германские государства одно за другим присоединялись к коалиции. Последней это сделала Саксония. Власть Наполеона над Германией была окончательно потеряна.
В конце 1813 года союзные армии подошли к Рейну. В очередной раз Наполеону предложили мир, от которого он в очередной раз отказался. Французский император еще надеялся, что ему удастся переломить ход войны и добиться максимальных уступок. Союзники оказались перед необходимостью продолжить войну на территории Франции
1 марта 1814 года в Шомоне (небольшой город во Франции) был заключен общий союзный договор. Его подписали представители четырех государств: Англии, Австрии, Пруссии и России. Союзники договорились продолжить борьбу с Францией до окончательной победы.