Костёл Святого Фомы (чеш.Kostel svatého Tomáše) был основан в 1350 году. Освящение новой церкви проводил епископ Оломоуцкий. Карл IV присутствовал на церемонии. Он преподнёс храму икону Девы Марии (13 век). Специально для этой иконы, подаренной королём, выстроили часовню. «Чёрная Мадонна святотомская» считается святыней Брно – защитницей города.
Пожар 1500 года принёс разрушения костёлу и всему Августинскому монастырскому комплексу, который начали возводить на площади. Здания существенно пострадали. В течение всего 16 века шли работы по их восстановлению.
Тридцатилетняя война не прошла бесследно для храма, как и для многих зданий Брно. Костёл был разрушен почти полностью, поэтому пришлось начать новое строительство. По проекту архитектора Яна Крестителя Эрны в 1665-75 годах был возведён новый трёхнефный храм в стиле барокко. От старинного интерьера осталась каменная Пьета - скульптура Девы Марии, оплакивающей Христа, созданная Индржихом Парлержем в 1385 году.
В 1752 году в ходе очередной реконструкции здание костёла было уменьшено. Его сделали приходским и стали именовать храмом Святого Фомы. В 1805 и 1809 годах бывший храм служил штаб-квартирой Наполеону. Об этом сейчас напоминает мемориальная доска на его фасаде.
Костёл Святого Фомы пострадал от авианалётов Второй Мировой войны. Были разрушены своды над органом и почти треть крыши. Здание вновь восстановили. Сейчас бывший костёл находится под управлением Моравской галереи Брно. Здание галереи называют Наместническим дворцом, в нём проводятся выставки и камерные концерты.
Площадь Моравии, на которой расположен собор Святого Апостола Фомы, является самой большой площадью в Брно, на ней также находится дворец губернатора, входящий в состав зданий Моравской галлереи изобразительного искусства и другие красивые архитектурные сооружения разных стилей.
